Vielgestaltige Gegensätze auf engstem Raum ließen ein einzigartiges Weinbaugebiet von seltener Schönheit entstehen, welches sich durch seine Bodenformationen und durch sein subtiles Mikroklima von allen anderen Rebkulturflächen Europas unterscheidet.
Die pannonische Klimazone reicht von Osten her zungenförmig in die Wachau hinein. Von den Höhen des Dunkelsteiner Waldes südlich des Donaustroms und des Waldviertels im Norden, strömen kühlere, feuchtere und sauerstoffreichere Luftmassen durch kleine, bewaldete Steintäler - die Wachauer Gräben - abwärts. Es entsteht eine nahezu permanente Luftzirkulation, die die Bukettausbildung in den Trauben wesentlich beeinflusst und den daraus gekelterten Wein zusammen mit den kargen Urgesteinsböden prägt.
Verwitterte Urgesteinsböden (v.a. Ranker auf Silikat und Felsbraunerde) auf den Bergterrassen, die sich talabwärts stellenweise mit kleinen Lößinseln überdecken und in leichte, sandige Böden übergehen. Die Rebkulturen ziehen sich auf den Terrassen bis in ca. 450 m Seehöhe hinauf, also 250 m über dem Donaustrom. Mit ihrem äußerst bescheidenen Fruchtansatz pro Rebstock tragen gerade die Berglagen zum Ruhm dieser Weine in aller Welt bei, indem sie den Wachauer Weinen eigenen Charme mit einer anderswo selten erreichten geschmacklichen Dichte und dem klaren Bukett der Trauben verbinden.
Die Böden sind neben dem Klima das zweite Geheimnis der Wachau.